عنوان خبردوره آموزشی پژوهشگر ارشد در فارماکولوژی محاسباتی/بیوانفورماتیک دارویی
(شاخه: ثبت نام در دوره های آموزشی طراحی دارو)
ارسال شده توسط watson
شنبه 7 اسفند 1395 - 17:39:35




برای توصیحات بیشتر اینجا کلیک کنید.


دوره آموزشی

پژوهشگر ارشد در طراحی داروهای ضد سرطان

"بیوانفورماتیک دارویی"


"یک دوره متفاوت در بیوانفورماتیک"


مدت دوره: 27 ماه

در یک نگاه:

1- این دوره شامل ترکیب چهار کارگاه است:

الف: مبانی دراگ دیسکاوری

ب: داینامیک مولکولی

ج: طراحی اختصاصی دارو بر علیه کینازهای انکوژنتیک

د: شبیه سازی سیتو توکسیکی عصاره های گیاهی


2- انجام پروژه و رساله پایان دوره: این دوره دارای "میان پروژه" و "فاینال پروژه" بصورت اجباری است.

3- صدور گواهی نامه: برای تمام افرادی که پروژه ها را با موفقیت تکمیل کنند، گواهی نامه به انگلیسی صادر خواهد شد. عنوان رساله پایان دوره بر روی گواهی نامه ذکر خواهد شد.

4- عنوان دوره به انگلیسی:

Principle Researcher of in silico Pharmacology


5- این دوره بصورت آنلاین است. علاوه بر قرار دادن ویدئوهای آموزشی بصورت هفتگی، جلسات رفع اشکال نیز بصورت ویدئویی و آنلاین از طریق وایبر و Imo صورت میگیرد.

6- شروع دوره از اردیبهشت ماه خواهد بود. مهلت ثبت نام تا 15 فروردین با 10 درصد تخفیف همراه خواهد شد.




مبانی دراگ دیسکاوری:


• Introduction of Drug Discovery & Designing
• Principle of Pharmacology
• Science involved in disease target identification
• Databases
• Virtual screening
• In-silico generation of ligands by ChemSketch
• Conversion of Mol files to Pdb files by Open Babel
• Protein optimization & Energy Minimization by SPDV
• Molecular Docking by MGL Tools
• Creation of Grid Parameter & Dock Parameter files by AutoDock Software
• Running the Docking Algorithm by Cygwin
• Selection of potent inhibitors on the basis of binding energies and Lipinski's Rule of 5
• Look for H-bond Between ligand and active site of the residue of protein by UCSF Chimera
• Prediction of Molecular Properties
• Prediction of Bioactivity
• Drug Likeness
• Bioavailability & ADME
• Toxicity

کریستالوگرافی آنزیم های کیناز و دراگ دیسکاوری کیناز های انکوژنیک

  • معرفی ساختار آنزیم های کیناز
  • معرفی ویژگی های داروهای ضد کیناز
  • پیشبینی پروتئین های هدف و شبکه آنزیم های کیناز با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک
  • تنظیمات داکینگ و گریدینگ اختصاصی آنزیم های کیناز
  • تشخیص آنزیم های کیناز فعال و غیر فعال از روی فایل کریستال (PDB) و تاثیر آن در طراحی دارو
  • معرفی روش های آزمایشگاهی رایج جهت تایید نتایج مدلینگ

پروژه میان دوره (Assignment)

دراگ دیسکاوری پیشرفته:
شبیه سازی سایتوتوکسیکی عصاره های گیاهی و داکینگ اتوماتیک
  • نحوه شبیه سازی آنزیم های دخیل در توکسیسیتی
  • طراحی پروژه با استفاده از عصاره های گیاهی
  • نحوه محاسبه شاخص های کارایی اتصال لیگاند و تعیین موثر ترین لیگاند بر اساس قطبیت، آبگریزی، و اندازه مولکول بر علیه آنزیم اختصاصی
  • معرفی و تمرین نرم افزارها و پایگاه های داده برای داکینگ اتوماتیک هزاران مولکول
  • تفاوت داکینگ اختصاصی و داکینگ تصادفی

داینامیک مولکولی

  • معرفی سیستم عامل لینوکس
  • آموزش نصب سیستم عامل لینوکس و دستورات کاربردی لینوکس
  • آموزش نصب و معرفی گروماکس
  • داینامیک مولکولی (مبانی)
  • چگونگی انتخاب لیگاند برای پروژه داینامیک مولکولی
  • اشتباهات رایج و چگونگی اجرای یک پروژه صحیح داینامیک مولکولی
  • ساخت توپولوژی لیگاند
  • معرفی Force Field و مدل مولکولی آب
  • ساخت توپولوژی پروتئین
  • قرار دادن کمپلکس پروتئین/لیگاند در آب
  • تنظیمات یونی سیستم
  • تنظیم انرژی سیستم بطوریکه نیروی وارد به هر اتم کمتر از 1000 کیلو ژول بر مول باشد.
  • ساخت انسنبل با تعداد اتم یکسان، حجم یکسان، و دمای یکسان
  • ساخت انسنبل با تعداد اتم یکسان، فشار یکسان، و دمای یکسان
  • اجرای شبیه سازی داینامیک مولکولی و تنظیمات مربوطه
  • آنالیز نتایج و گرفتن خروجی از سیستم شبیه سازی شده

رساله پایان دوره (Final Dissertation)

*** توصیح تکمیلی: در این دوره تصمیم بر آن است علاوه بر اینکه مقاهیم پایه تمرین می شوند، بلکه تجربیات و آزمون و خطاهایی که اینجانب انجام داده ام را با دوستان در میان می گذارم.

*** همچنین ژورنال هایی که چنین مطالعاتی را منتشر میکنند و شرایط انتشار در این ژورنال ها را نیز با شما به اشتراک گذاشته و معرفی میکنم.




هزینه ثبت نام: 2400000 تومان

برای ثبت نام بر روی لینک زیر کلیک کنید:


---> اگر از نظر پرداخت تحت فشار هستید، شرایط زیر تسهیل شده است تا دوستان آسان تر بتوانند در این دوره شرکت کنند.

شرایط تخفیف و تسهیلات:

1- اگر دانشجوی کارشناسی ، کارشناسی ارشد، یا دکترا هستید برای آگاهی از تخفیف ها اینجا را کلیک کنید.

هزینه ثبت نام: 1950000 تومان




* هر دانشجو، علاوه بر نخفیف فوق کد تخفیف 40 درصدی نیز برای سه نفر از دوستان خود را دریافت میکند.

2- چنانچه قبلا از در دوره های دستیار یا پزوهشگر ارشد دراگ دیسکاوری بوده اید، از طریق لینک زیر ثبت نام کنید.

هزینه ثبت نام برای کار آموزان پیشین و افرادی که دارای کد تخفیف 40 درصدی هستند: 1500000 تومان




3- ثبت نام می تواند در دو مرحله صورت گیرد:

- A) دوره مبانی دراگ دیسکاوری + کریستالوگرافی کیناز ها - هزینه ثبت نام: 1200000 تومان


- B) دوره دراگ دیسکاوری پیشرفته (شامل داینامیک مولکولی + شبیه سازی سایتوتوکسیکی عصاره های گیاهی و داکینگ اتوماتیک) - 
هزینه ثبت نام: 1300000 تومان

---( لینک فقط برای افرادی باز می شود که دوره "A" را ثبت نام کرده باشند)---

4- فقط آموزش نرم افزار ها و بهینه سازی دارو و پروتئین (بدون انجام پروژه و دراگ دیسکاوری پیشرفته):

"لطفا توجه فرمایید: این دوره در سال های 1394 و 1395 برگزار شده است و اینک فقط جهت استفاده دوستانی که فقط قصد فراگیری نرم افزار های دراگ دیسکاوری را دارند با هزینه کمتر، در اختیار دوستان قرار میگیرد. چنانچه بزودی تمایل داشتند، میتوانند به دوره جامع دراگ دیسکاوری که در سال 1396 (همین صفحه) ارتقا دهند. بنابراین این دوره - پژوهشیار دراگ دیسکاوری - صرفا به منظور در دسترس قرار گرفتن فیلم های آموزشی و کار با نرم افزار های مبانی دراگ دیسکاوری (مورد "الف" از لیست فوق) می شود."

هزینه ثبت نام: 495000 تومان (جهت ثبت نام برای پژوهشیار دراگ دیسکاوری - ورژن 1394-95 اینجا کلیک کنید).



این خبر از طرف پایگاه دراگ دیسکاوری ایران - آموزش و انجام پروژه های شبیه سازی مولکولی و طراحی دارویی
( http://www.gromacs.ir/today/news.php?extend.173 )


زمان بازسازي صفحه :0.2761 ثانيه, 0.1949 براي هر جستجو .